Prélèvement en conditions stériles impérativement en fond de cuve ou de barrique (ou immédiatement après homogénéisation).
Pour Brettanomyces, la microbiologie peut sous estimer le niveau de population et donc, de risque. Pour une quantification précise, préférer la PCR.
Le niveau de population en bactéries acétiques augmente très significativement après une aération.